Aaaa, to bardzo prawdopodobne. GDAL z paczek instaluje się w /usr, a kompilowany własnoręcznie prawdopodobnie domyślnie w /usr/local i maskuje tego paczkowego. Przejrzyj katalog /usr/local, nie powinno tam być zbyt wiele i ewentualnie wywal pliki gdala.
Problem rozwiązany. Może komuś się przyda.
Stare pliki GDALa pozostałe po jakiejś nieudanej kompilacji robionej wieki temu okazały się przyczyną niedziałania GDALa instalowanego z repozytoriów. Dla porządku odinstalowałem ponownie libgdal, gdal-bin, python-gdal. Potem posprzątałem śmieci po starym GDALu, zainstalowałem jeszcze raz i
wreszcie działa. Tak to bywa jak system działa bardo długo sprawnie bez reinstalacji, można pozapominać, że się coś nabroiło
Czyli jak zwykle rozwiązanie było banalne ;-) Od dziś będę zaczynał od pytania, czy nie próbowałeś/aś czegoś kompilować ;-D