Najwyraźniej warstwa nie ma deklaracji układu współrzędnych, zaś w Opcjach programu -> Układ współrzędnych masz ustawione, żeby w razie braku deklaracji przypisywać domyślnie WGS84. Musisz porównać z innymi warstwami, jaki to jest faktycznie układ (lista podejrzanych:
http://gisdiary.wordpress.com/2009/05/19...h-w-polsce ) i poprawić (a właściwie dopiero utworzyć) deklarację. Doraźnie możesz to zrobić we właściwościach warstwy (będzie obowiązywało tylko w bieżącym projekcie), natomiast trwały zapis w metadanych pliku umożliwia wtyczka GdalTools: menu
Raster -> Konwertuj (Translate).
Inna sprawa, że reprojekcja rastrów w locie możliwa jest tylko w qgisie 1.7 (czyli paczka qgis-dev w instalatorze OsGeo4W).
