Żeby po prostu wiedzieć które obiekty są najbliższe i obliczyć odległości miedzy nimi użyj wtyczki NNJoin. Alternatywnie możesz użyć algorytmu geomdistance w kalkulatorze pól (dostępny po zainstalowaniu refFunctions).
Żeby narysować najkrótsze linie między najbliższymi obiektami użyj narzędzia v.distance. W przykładzie na zrzucie szukam obiektów dla warstwy "sto" na warstwie "tysiąc". Trzeba zaptaszkować dowolną kolumnę z wartościami liczbowymi bo nie zadziała. Mam nadzieję, że załączony zrzut pomoże. Długość do powstałych linii łatwo dodasz potem w kalkulatorze pól ($length).