Możesz użyć GDAL'a (jest to dołączone do instalacji QGIS)
Jeśli wiesz jakie są dokładnie nazwy tych warstw, które potrzebujesz używasz ogr2ogr w konsoli:
Kod:
ogr2ogr w1.shp -where "Layer='war1'" test.dxf
To wyżej z dxf test.dxf wyciąga obiekty z warstwy o nazwie war1 i zapisuje to do pliku shp: w1.shp
U mnie to były same linie, na warstwie w dxf mogą być chyba obiekty o różnym rodzaju geometrii i nie sprawdzałem jak gdal sobie z tym poradzi.
Poniżej link do szczegółowych informacji.
https://www.gdal.org/ogr2ogr.html