Dziwne.
1) Czy ptaszek przy warstwie w legendzie się nie odhacza w chwili zatwierdzenia atrybutów? Czasem myszy robią dziwne rzeczy.
2) Transformacja w locie powinna być wyłączona (ikonka w prawym dolnym rogu powinna być czerwona). To nie powinno przeszkadzać, ale bezpieczniej jest nie włączać, póki świadomie nie zamierzasz nakładać warstw w różnych układach współrzędnych.
3) Opcje programu -> Renderowanie -> Użyj pamięci podręcznej, aby przyśpieszyć odświeżanie. Spróbuj z włączonym i wyłączonym (po przełączeniu użyj narzędzia "odśwież", bo samo się może nie odświeżyć)
3) Właściwości warstwy -> Styl. Powinien być wybrany jakiś losowy kolor, domyślna grubość linii i zerowa przezroczystość. Sprawdź, czy jest ok.
4) Zapisz warstwę z tym niewidocznym obiektem i wyjdź z trybu edycji. Następnie Właściwości warstwy -> Ogólne -> Twórz indeks przestrzenny. W pewnych przypadkach może pomóc.
5) Również po zapisaniu, Właściwości warstwy -> Metadane -> Liczba obiektów na tej warstwie pokaże, czy ten niewidoczny obiekt na warstwie w ogóle jest