Witaj Marcin.
Problem jest mi bliski, więc sprawdziłem od razu na podobnych danych z MPHP.
W wersji 1.7.0 trunk (r.15264M) na Ubuntu 64 ten problem nie występuje.
Co więcej, widzę że nawet wersja SVG jest generowana poprawnie!
Nie występuje takie przesunięcie na żadnym formacie: pdf, jpg i svg.
Myślę, że problem jest po stronie QGIS, nie geoportalu. Ale która z bibliotek za to odpowiada, tego nie wiem.
A tak przy okazji. Czy możemy dopisać Twoją firmę do listy użytkowników?
http://quantum-gis.pl/uzytkownicy#administracja
Fajnie byłoby mieć komplet z branży wodnej ...