Można za pomocą programu gdal_merge z parametrem -separate.
W konsoli:
gdal_merge -separate -o plik_wyjsciowy pierwszy_plik drugi_plik [trzeci_plik...]
Z poziomu QGISa:
Raster -> Inne -> Złącz rastry i trzeba zaznaczyć "każdy plik na oddzielną warstwę" (Robercie, tam chyba powinno być słowo "kanał")
Więcej info:
http://www.gdal.org/gdal_merge.html
Kolejność kanałów będzie oczywiście odpowiadała kolejności plików wejściowych (najpierw wszystkie z pierwszego, potem wszystkie z drugiego).
Jeśli chcesz uzyskać inną kolejność, to prawdopodobnie będzie trzeba je przesortować używając gdal_translate z przełącznikami -b.