Ubuntu 14.04.3 LTS

[Binko]

Wystarczy usunąć dowiązanie [sudo rm /var/www/aplikacja] jeśli użyjesz [sudo rm /home/saalomon/aplikacja/ /var/www/aplikacja] usunie się również katalog źródłowy. Chyba, że takie masz zamierzenie, to można tak też zrobić

A żeby tak sobie wywoływać mapy modyfikując jakiś plik... Hm. Myślę, że można użyć czegoś z WMSem - geoserver, mapserver, qgis-server. W zapytaniu WMS można określić parametry co ma być wyświetlone.

Albo można to wrzucić w OpenLayers i będzie interaktywnie
Ewentualnie - Mapy Google - w sensie MyMaps https://www.google.pl/maps/d/?hl=pl&app=mp - taki prosty webgis. Ale stworzoną mapkę można łatwo zamieścić na stronie. Są różne rozwiązania... Zależy na czym Ci zależy