Witam.
Piszesz o "kopiowaniu" więc rozumiem, że robisz to kopiując na warstwie shp i wklejając do zdefiniowanej warstwy spatialite...
Upewnij się, że shp ma taką samą strukturę co baza. Chodzi tu nie tylko o kolejność kolumn (QGIS przy kopiowaniu z shp do bazy wrzuca dane po kolei na zasadzie pierwsza kolumna z shp do pierwszej kolumny w tabeli) ale także ich typ... do intigera nie wrzucisz danych tekstowych itp...
Nie wiem czy jest wtyczka dla spatialite ale dla postgisa jest wtyczka SPIT. Może jest jakieś dedykowane narzędzie o podobnym działaniu. Pamiętaj też, że baza (a przynajmniej postgis) pilnuje topologii obiektów. Do warstwy bazodanowej zdefiniowanej jako punktowa nie wrzucisz linii itp...
Jeszcze jednym ograniczeniem jest obsługa typów danych przez posgisa (może również jest takie coś dla Spatialite).
PS. A dlaczego Spatialite?? Nie lepiej użyć bazy posgis
Pozdrawiam