Jakie masz te rastry i co dokładnie chcesz otrzymać?
Jeżeli chcesz mieć fizycznie jeden plik, to w grę wchodzi tylko funkcja gdal_merge.py (czyli "złącz rastry" we wtyczce gdal tools). W opisie tej funkcji są pewne ograniczenia co do parametrów tych rastrów. Wygląda na to, że coś jest nie tak z tabelami kolorów Twoich TIFFów. Tu jest więcej:
http://www.gdal.org/gdal_merge.html
To, że skany nachodzą na siebie nie stanowi problemu. Raster wpisany do parametrów jako pierwszy będzie na górze (albo odwrotnie
)
Generalnie ta wtyczka lubi się wysypać, więc jeśli Ci się chce/masz możliwość spróbuj w linii komend. Jak to zrobić jest opisane pod linkiem, który podałem wyżej.
Stworzenie wirtualnego rastra przyda Ci się, jeżeli nie chcesz mieć fizycznie jednego pliku, ale zależy Ci na szybkim dodawaniu rastrów do QGIS. Stworzony zostanie mały plik, który wystarczy wczytać i otworzą się wszystkie pożądane rastry.