EDYCJA: Ech. Spóźniony o 3 minuty...
1) Mocno zgeneralizowane dane tu:
http://www.maplibrary.org/stacks/gadm/POL/index.php
2) QGIS: Wczytujesz warstwę CLC (poligon), obszar administracyjny (poligon) i wektor -> narzędzie geoprocessingu -> przytnij.
Odnośnie problemu.
Musisz zdecydować się na jeden układ współrzędnych przed geoprocessingiem.
Jak masz QGIS wżej niż 1.4.0 prawyklik na warstwie -> zapisz jako i tam wybierz układ współrzędnych.
Wczytaj nowo utworzony plik i działaj.